Tous ces produits favorisent la fermentation intestinale. Certains, comme les fructooligosaccharides et les galactooligosaccharides sont décrits comme ayant des effets bénéfiques sur la santé, ils font partie des prébiotiques. L’activation ou la modification de la flore intestinale peut provoquer un inconfort digestif
avec en particulier des ballonnements, un ralentissement ou une accélération du transit.
La consommation de pruneaux d’Agen permet d’améliorer la constipation. Il est rare de ne pas se sentir ballonné et d’avoir des gaz après avoir consommé beaucoup de fruits, du choux et des pois dans un même repas.
En 2005, deux gastroentérologues australiens publient un article sur l’utilisation d’un régime sans FODMAPs pour améliorer les patients souffrant de la maladie de Crohn (une maladie inflammatoire de l’intestin). Cette maladie s’est développée avec l’alimentation moderne, riche en sucres à chaînes courtes et
en polyols. Par ailleurs, les FODMAPs favorisent la fermentation intestinale et donc la prolifération bactérienne ce qui est une des hypothèses du développement de cette maladie si le terrain génétique est mal adapté à certaines populations de bactérie. Ils ont émis l’hypothèse qu’une réduction des apports alimentaires en FODMAPs réduirait la maladie de Crohn. Depuis, cette hypothèse n’a pas été confirmée dans la maladie de Crohn.
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